עטאף עליאן ישבה בבתי הכלא הישראלים למעלה מעשר שנים.
לראשונה נעצרה ב- 2 באורגוסט 1987, מדינה ישראל האשימה אותה ב"חברות באירגון עויין" והיא נשפטה לארבע שנות מאסר.
בחודשים הראשונים למעצרה היא הוחזקה במגרש הרוסים. ב- 27 בספטמבר 1987, חמישה שוטרים, חלקם מצויידים באלות, נכנסו לתאה, היכו אותה והשאירו אותה מדממת עם אף שבור. למחרת, עטאף הובאה לבית החולים, שם נקבע כי היא צריכה לעבור ניתוח באף. הרשויות סרבו לאפשר את ביצוע הניתוח , והיא סבלה מבעיות רציניות בנשימה בגלל השבר באף. עטאף נותחה רק אחרי שלוש שנים, בעקבות מאבק משפטי ולחץ בינלאומי.
עטאף הגישה תלונה נגד השוטרים המכים. מאוחר יותר, בבית המשפט, התברר לה, שהתעלמו מהתלונה שהגישה והיא הואשמה בכך שקיללה את השוטר ששבר את אפה.
בשנת 1988, עטאף הועברה לכלא נווה תרצה (רמלה). שם האסירות הפליליות הציקו באופן קבוע לאסירות הפוליטיות: היכו אותן, שפכו עליהן מים חמים ושתן, כל זה בעידוד הסוהרות. פעם, כאשר עטאף ביקשה מסוהרת מים, היא קיבלה מים בכוס מלוכלכת מלאה בבדלי סיגריות.
ביולי 1988, אחרי אחת התקריות בה האסירות הפליליות הציקו לפוליטיות, עטאף ואסירה פוליטית נוספת, אימאן סרחאן, הוענשו והועברו לתאי הבידוד. מספר ימים לאחר מכן, כאשר סוהרת הביאה להן אוכל לתא הבידוד, פרץ עימות ביניהן לסוהרת. אימאן ועטאף הואשמו בתקיפה וניסיון לחנוק את הסוהרת. עטאף טענה שהיא פעלה מתוך הגנה עצמית. בעקבות העימות, שתי האסירות עונו בחקירה, הואשמו ב"ניסיון לרצח", ונשפטו לעשר שנות מאסר בנוסף על תקופת המאסר המקורית עליה נשפטו.
עטאף עליאן שוחררה ב- 10 בפברואר 1997 ביחד עם כל האסירות הפוליטיות. למרות שב"הסכם אוסלו" ישראל התחייבה לשחרר את כל האסירות הפוליטיות היא סירבה לשחרר ארבע מהן. רק לאחר מאבק אמיץ ונחוש של האסירות הן שוחררו. כל האסירות סרבו להשתחרר אם אחת מהן תשאר בכלא. הן פתחו בשביתת רעב וסרבו לצאת מהתאים עד אשר כל האסירות הפוליטיות שוחררו.
אחרי שיחרורה, עטאף עליאן התחילה להקים בבית לחם מרכז נשים וגן ילדים.
היא נעצרה שוב ב- 20 באוקטובר 1997 כאשר הייתה בדרכה, באוטובוס פלסטיני, בין בית לחם לאבו דיס, שתי ערים שבאופן פורמלי היו בסמכות הרשות הפלסטינית. חיילים ישראלים, עצרו את האוטובוס במחסום, חטפו את עטאף והוצא נגדה צו מעצר מינהלי לשלושה חודשים.
מעצר מינהלי הוא מעצר ללא כתב אישום וללא משפט וניתן להארכה חוזרת באופן שרירותי, ללא הגבלה.
ב- 22 באוקטובר 1997 עטאף עליאן פתחה בשביתת רעב שנמשכה 45 ימים, בדרישה לשיחרורה. אחרי כחודשיים היא שוחררה.
בזמן האינתיפדה השניה ב- 30 בדצמבר 2002 עטאף נעצרה שוב. בהתחלה הוחזקה במתקן כליאה עציון, ליד בית לחם, בתנאים קשים. היא היתה האישה היחידה במתקן כליאה זה אשר לא היו בו כלל שירותים ומתקנים לנשים. ב- 30 בינואר היא הועברה לכלא נווה תרצה (רמלה), נשפטה לתשעה חודשים ושוחררה ב- 9 בספטמבר 2003.
אחרי שיחרורה ובין המעצרים, עטאף המשיכה להקים פרויקטים חברתיים. בבית לחם גן הילדים שהקימה התפתח לבית ספר יסודי. אחרי נישואיה היא עברה לרמאללה שם הקימה קפה אינטרנט לנשים ונערות מקום בו הן יכולות לגלוש וללמוד אינטרנט.
ב- 22 בדצמבר 2005, חיילים ישראלים לקחו את עטאף עליאן מביתה שברמאללה לכלא השרון (תל מונד), הוציאו נגדה צו מעצר מינהלי לשישה חודשים שלאחר עירעורה קוצר לארבעה חודשים.
ב- 20 בפברואר עטאף פתחה בשביתת רעב במחאה על מעצרה ובדרישה שעאישה, ביתה התינוקת, תהיה איתה. רשויות הכלא סרבו. שלושה ימים אחרי שהחלה בשביתת רעב רשויות הכלא העבירו אותה לכלא נווה תרצה (רמלה). אחרי 18 ימים של שביתת רעב הסכימו לדרישתה שביתה התינוקת תהיה איתה בכלא בתנאי שתישאר בכלא נווה תרצה מופרדת מהאסירות בכלא השרון.
ב- 26 באפריל 2006, יום לפני שהיתה אמורה להשתחרר, מעצרה המינהלי הוארך בארבעה חודשים נוספים.
בעקבות עתירה שהגיש העו"ד של עטאף עליאן מחמוד אמארה ועו"ד תמר פלג, קוצר צו המעצר לשלושה חודשים.
ב-26 ביולי מעצרה המינהלי הוארך שוב, בשלושה חודשים.
באוגוסט 2006, מעמדה שונה מעצירה מנהלית לעצירה לפני משפט. הוגש נגדה כתב אישום על אירגון מחנות קיץ לילדות. השופט בבית משפט הצבאי, הורה לשחרר אותה בערבות עד תום ההליכים המשפטיים. הרשויות הישראליות התנגדו לשחרורה וטענו שהמעצר המנהלי עדיין בתוקף.
בעקבות בקשה שהגישה עורכת הדין של "נשים למען אסירות פוליטיות", תגריד ג'השאן, אושר שעאישה, ביתה של עטאף, למרות שכבר מלאו לה שנתיים (מגיל שנתיים ומעלה אסור להשאיר ילדים עם אמותיהם בבית הסוהר), תשאר איתה עד ה-25 באוקטובר, התאריך בו צריך להיסתיים מעצרה המינהלי.
ב-23 באוקטובר 2006 הוארך מעצרה המינהלי של עטאף בשישה חודשים נוספים. מספר ימים לאחר הארכת מעצרה ,
עאישה הועברה לאביה בראמאללה. כל בני המשפחה של עטאף מנועים ע"י הרשויות הישראליות, מלבקר בכלא לכן לאף אחד/ת אין אפשרות להביא את עאישה בת השנתיים לבקר את אימה.
אפריל 2006
מעצרה המינהלי של עטאף עליאן הוארך בארבעה חודשים
עטאף עליאן, בת 42, עצירה מינהלית, מרמאללה, אם לתינוקת בת 18 חודשים (אשר נמצאת איתה). ב- 22 בדצמבר 2005 היא נלקחה מביתה שברמאללה ע"י הצבא הישראלי והובאה לכלא השרון. ניתן לה צו מעצר מינהלי לתקופה של שישה חודשים. בעקבות עתירה נגד הצו התקופה קוצרה לארבעה חודשים.
ב- 23 בפברואר היא הועברה לכלא נווה תרצה (רמלה). ב- 26 באפריל, ביום שעטאף עליאן היתה אמורה להשתחרר, משרד הביטחון הוציא נגדה צו מעצר מינהלי לארבעה חודשים נוספים.
בעקבות עתירה שהגיש העו"ד של עטאף עליאן מחמוד עמארה ועו"ד תמר פלג, קוצר צו המעצר לשלושה חודשים.
מעצר מינהלי הוא מעצר ללא כתב אישום וללא משפט וניתן להארכה חוזרת באופן שרירותי.
עטאף היתה אסירה פוליטית יותר מעשר שנים ולאחר מכן נעצרה שוב בתקופות שונות. אחרי שיחרורה ובין מעצר למעצר היא הקימה מספר מוסדות חברתיים - בבית לחם: מרכז נשים וגן ילדים שהתפתח לבית ספר יסודי, אחרי נישואיה, עטאף עברה לראמאללה שם הקימה אינטרנט קפה לנשים ונערות, מקום בו הן יכולות לגלוש וללמוד אינטרנט.
תשוחרר עטאף עליאן!